方法 利用GEO数据库中结肠癌单细胞测序数据,基于CIBERSORTx算法对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠癌患者队列的表达

方法 利用GEO数据库中结肠癌单细胞测序数据,基于CIBERSORTx算法对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠癌患者队列的表达谱数据进行免疫细胞亚群的评分,将获得的免疫细胞评分与临床资料结合进行转移预后相关分析。基于免疫细胞评分筛选相关基因,使用DAVID分析平台进行功能聚类,进而比较免疫细胞亚群对结肠癌细胞功能调控的差异。使用LASSelleckSO算法筛选免疫细胞亚群并使用Cox分析构建风险预后模型。结果 相比于TCGA结肠癌未转移患者,转移患者中hT04_CD4-TCF7丰度升高(p<0.01)、hT11_CD4-CTLA4、hT12_CD8-LEF1、hB01_PlasmaB-IgG、hM10_Macro-IL1B丰度下降(p<0.05)。在生存分此网站析中,基于AUC曲线,38个免疫细胞亚群中有15个亚群与患者总生存显著相关(p<0.05)。CD4+T细胞亚群对结肠癌细胞调控功能的比较中,CD4-GNLY、CD4-ANXA1、CD4-CXCR6这几个亚群对结肠癌肿瘤的.调控作用优先聚集在血管生成相关的通路,CD4-IL23R优先聚集在能量代谢相关的通路,CD4并且-GZMK相比于其他亚群独特地在缺氧应激相关通路表现出聚集,CD4-ANXA1、CD4-TCF7、CD4-CTLA4相比于其他亚群优先聚集在细胞增殖相关的通路,CD4-ANXA1、CD4-TCF7、CD4-CTLA4、CD4-CXCL13 相比于其他亚群在细胞黏附和细胞迁移的通路优先地聚集。基于免疫细胞亚群的构成及其所代表的阿免疫状态对患者进行预后评估具有较好的效果,具有一定的实际运用价值。

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