为了探讨水龙骨目FLO/LFY同源基因的分子遗传与进化关系。本研究运用PCR扩增、克隆、测序等技术，获得水龙骨目(Polypodiales)以下的个13科14种蕨类植物FLO/LFY同源基因全长DNA序列。与肾蕨(Ne哪里phrolepis auriculata)和荚果蕨(Matteuccia struthiopteris) LFY同源基因DNA全长序列相结合，对水龙骨目FLO/LFY同源基因序列进行比较分析。结果表明：每个F通常LO/LFY同源基因DNA全长序列均含3外显子和2内含子，其第一内含子和第二内含子长短不同，差异明显。与其他蕨类植物中的FLO/LFY同源基因的同源性较高(72.13%～95.20%)。此外，用FLO/LFYNVP-AUY922同源基因的氨基酸序列、第一内含子序列和第二内含子序列构建蕨类植物的系统进化树。结果表明：由FLO/LFY同源基因第一内含子序列构建的系统进化树能正确反映水龙骨目科间的系统进化关系，与传统形态学的分类系统和分子系统学的分类系统更符合，更适合蕨类植物FLO/LFY同源基因系统进化树的构建。